Η Μονή της Αγίας Θεοδώρας έχει υπό την κηδεμονία της πέντε (5) μετόχια στο χώρο της Μητροπόλεως Θεσσαλονίκης:

1. το παρεκκλήσιο του αγίου Αντωνίου, στην πλατεία Ιπποδρομίου,

2. το παρεκκλήσιο του αγίου Νικολάου του Τρανού κοντά στην πλατεία Αριστοτέλους,

3. το παρεκκλήσιο του αγίου Παντελεήμονος στη συμβολή των οδών Εγνατία και Ιασωνίδου,

4. το παρεκκλήσιο της Παναγίας της Ελεούσης επί της οδού Τσιμισκή και

5. την εκκλησία του οσίου Δαβίδ, μέρος του παλαιού καθολικού της μονής Λατόμου στην Άνω Πόλη.